Tous les 5 ans, les adhérents votent pour élire des représentants par collège (exploitants, salariés, employeurs) : ce sont les délégués de la MSA. Ce système démocratique est une véritable particularité du régime agricole. Les dernières élections ont eu lieu par correspondance en janvier 2010.

Depuis ces élections, la MSA de Maine-et-Loire compte 275 délégués cantonaux.
Au niveau départemental, le Conseil d'administration sera composé de 29 membres.

Outre les administrateurs par collège, 2 représentants de l'Union départementale des associations familiales (Udaf) siègent au Conseil d'administration.

Les administrateurs

- déterminent la politique générale,

- votent le budget,

- nomment les agents de direction et les praticiens-conseils,

- décident des opérations immobilières et des marchés.

Les délégués cantonaux

- participent à la vie mutualiste de l'échelon local,

- informent et réfléchissent sur la protection sociale,

- préparent et constituent l'assemblée générale,

- initient et conduisent des actions d'animation et de développement sur les territoires avec l'appui des professionnels de la MSA.